顺治六年(1649)延绥守将王永强、平德反清，并占领葭州，后被平西王吴三桂打败，王等战死。

康熙十三年(1674)，子洲贫民周济民(周四儿)聚众起义，定边守将朱伦及王辅臣响应，占领葭州，后被清兵打败，周等战死在乱军之中。

六十一年(1722)秋，野鼠食禾成灾。冬，群狠进村进屋伤人。

雍正三年(1725)，改葭州为直隶州，仍领神木、府谷、吴堡3县，直属陕西布政司管辖。

乾隆元年(1736)改直隶州为散州，转属榆林府领辖。神木、府谷二县转属榆林府，吴堡县转属绥德州。

四年(1739)大旱成灾，群狼食人。

二十七年(1762)原属葭州之建安堡划归榆林县，高家堡划归神木县。

四十一年(1776)知州郑仔建立正乡书院，院址在今百货公司西侧。

咸丰八年(1858)七月十五日夜，星陨如雨。

同治六年(1867)三月，回民起义军进入县境，遍及各村镇，县城未破。义军曾与清兵在县城南开花寺一带激战，被清兵和地方壮丁打败，死伤多人。八年(1869)八月，回民义军退出县境。战火蔓延二年多，人畜、财物损失甚重。

光绪二十三年(1897)，知州崔骥远，创葭、府、神百货厘金，总局设在万户峪，沿河设分卡四处，即大会坪、桃花渡、木头峪、螅蜊峪。

二十六年(1900)，意大利天主教司锋老孙神甫和马六品修士，因避义和团运动，由山西潜逃谭家坪村，天主教开始传入县境，此后耶稣教也相继传入。

三十二年(1906)，废除岁科考试制度，取消廪膳生。

宣统元年(1909)将书院改为学堂，三年(1911)改为县立高、初两级学校。