洪武初年，守御千户王纲改建州城，自北向南截三分之一，增筑垣墉，分为内城和北郭。

四年(1371)十月，囚讥民流散，降葭州为葭县。八年( 1375 )十一月，囚流散饥民相继返回，又复升为州。

隆庆年间，知州章评，增筑南郊外城，长3里5丈，高3丈。

万历三十二年(1604)，全真教道人李玉风(后称玉风真人)来葭，三十三年(1605)在县城南十里白云山募建真武祖师庙，四十六年(1618)，万历皇帝朱翊钧发圣旨并颁赐道藏经4726卷，赦建白云山藏经阁。后经历代补筑增建，庙宇林立，松柏辉映，成为西北地区最大的道教圣地，陕西游览胜景之一。

崇祯四年(1631)十二月，农民起义领袖张孟存(外号不沾泥)，攻破葭州，守备检事郭景嵩被杀。

同年，贫民任可学、申在庭、马丙贵等，在南区荷叶坪村起义，反对腐朽的明王朝，被榆林兵备参议樊一衡打败，追至关沟遇害。